Był okrutnie pobity już w trakcie „powitalnego” przesłuchania. Miał ujawnić nazwiska podwładnych, ale mimo potwornego bólu i naturalnego lęku nikogo nie wydał.
Zamknięto go na piętrze z drugim aresztantem, skąd jednak w nocy obydwaj uciekli przez okno. Niestety, lina spleciona z jakichś kawałków szmat pękła i Stefan, schodzący po niej jako drugi, upadł z wysoka na plecy. Nie mógł o własnych siłach kontynuować ucieczki, więc prosił kolegę, by go zostawił i ratował siebie. Ten jednak najpierw pomógł rannemu dowlec się do jakiegoś domu - i dopiero odszedł.
Następnej nocy Stefana Pukanego potajemnie przewieziono do przygotowanej skrytki w jego domu. Tam matka leczyła go, jak umiała, domowymi sposobami. Okolicę przetrząsali funkcjonariusze UB, nachodzący codziennie matkę i sąsiadów. Stefan wiedział, że w każdej chwili może dojść do szczegółowej rewizji – musiał jak najszybciej uchodzić.
Organizacja zaproponowała mu ucieczkę za granicę drogą morską, z której miał nawet początkowo zamiar skorzystać. Jednak najbardziej martwił go los matki i młodszego brata – nie chciał ich samych zostawić. Otrzymał więc dowód na nazwisko Zarębski Stefan i potajemnie wyjechał do Bystrzycy Kłodzkiej, gdzie był kierownikiem gospodarstwa rolnego i instruktorem szkoły rolniczej w pobliskiej Łomnicy Starej. Jak na ironię właśnie tam zamierzano skierować go na trzymiesięczny kurs, dający uprawnienia prokuratorskie ...
Tak wspominał po latach reakcję na otrzymaną propozycję : „To było dla mnie tak szokujące, że aż śmieszne. Pewnie gdybym został tym prokuratorem, to najpierw siebie musiałbym oskarżyć jako wroga Polski Ludowej i Związku Radzieckiego”.
Ale nie zapomniano o nim, nie pomogła zmiana nazwiska i wyjazd na Dolny Śląsk. Drugie aresztowanie miało miejsce, gdy wracał z pracy w gospodarstwie. Idąc do mieszkania minął stojących przy wejściu na podwórko nieznanych mu osobników – na odwrót było za późno. Dwóch kolejnych czekało już w środku. Został natychmiast skuty i przewieziony samochodem do Wrocławia.
Przeżył trzy miesiące koszmarnego śledztwa, bicia, kopania, jakiś konfrontacji z ludźmi których znał, ale też i zupełnie obcych. Wożono go z Wrocławia do Tarnobrzegu, a później także do Rzeszowa - zawsze skutego i pilnowanego przez uzbrojonych ubeków. Oprócz potwornego, nieludzkiego bicia przystawiano mu często broń głowy i straszono, że będzie zastrzelony za próbę ucieczki. Pewnego razu śledczy ostrymi końcami złamanej w trakcie bicia linii rozorali Stefanowi całą twarz. Przeżył też wielotygodniowy pobyt w jakieś mokrej piwnicy bez podłogi.
Próbowano go złamać poprzez podstawianych, niby życzliwych mu rzekomych współtowarzyszy niedoli. W końcu doszło do postawienia spreparowanych zarzutów. Sądzony był wraz z kilkunastoma kolegami w procesie pokazowym przez sąd woskowy w Rzeszowie. Między nimi znalazł się jego młodszy o dziewięć lat brat Józef. Zapamiętał zwłaszcza potworny, psychiczny ból, gdy dwuletnia córeczka prowadzonego na rozprawę brata chciała zawiązać sznurówki u jego butów. Dziecko zostało brutalnie odepchnięte przez konwojenta.
Zapadły wyroki od dwunastu do piętnastu lat wiezienia, a Stefan Pukany, dowódca oddziału – został skazany na karę śmierci. Ocaliły go zmiany w Polsce - nastał Gomułka i ogłoszono amnestię dla więźniów politycznych. Karę śmierci zamieniono Stefanowi na piętnaście lat więzienia… Po latach upokorzeń i szykan doczekał Polski wolnej. Zmarł w Bolesławcu i tu został pochowany.
